昆明基准地震台原建于黑龙潭植物研究所内。1956年11月8日动工兴建，1957年5月20日竣工，建筑面积为三百八十四平方米。地震仪观测房是钢筋混凝土结构的地下室，深约8米。五月底架设安装了一套中长周期三分向基式（SK）光记录电流计地震仪，并于6月1日08点31分51秒记录到第一个震中位置为北纬21.5度，东经99.0度，距昆明站533公里的近震（缅甸孟宾地震）。从此，开创了云南使用仪器记录地震的历史。

1970年1月5日通海7.8级地震后，为了增设监测项目，用多学科开展地震预报研究工作，于1971年7月，在原老台的东北方一公里左右修建新台，办公楼为主楼三层附楼二层的U字型格局。监测设备安装在山洞内，办公大楼与山洞门相连。山洞主干道为U字型，长是73米；有六个支洞 ，支洞总长为71米；山洞最深处达47米，覆盖厚度40米左右。支洞设隔离保温门7道，全年仪器洞室温度15.0℃左右，洞温日变幅小于0.1℃，年变幅小于0.5℃，相对湿度在85％左右。山洞摆房、观测室和办公室于1974年9月全部建成。

在昆明基准地震台的基础上，顺应改革，2021年9月正式组建成监测范围更广、监测仪器更多、职能更全面的昆明地震监测中心站，管理范围为昆明市所属县（市、区）辖区和曲靖市除会泽县以外县（市、区）辖区，是一个集监测与科研为一体的多学科、多测项的综合观测站。